공익법인이 출연받은 재산을 출연기관인 공익법인에 연구용역 및 위탁관리용역을 의뢰하는 경우 증여세 과세 여부

공익법인이 출연받은 재산을 출연기관인 공익법인에 연구용역 및 위탁관리용역을 의뢰하여 공익법인의 고유목적사업에 사용하는 경우에는 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 봄

[회신] <질의1> 공익법인(◉◉◉, 이하 ‘해당 공익법인’)이 출연받은 재산(정부예산으로 건설된 재산, 이하 ‘출연재산’)을 출연한 기관(〇〇〇, 이하 ‘출연기관’)에 연구용역 및 위탁관리용역을 의뢰하여, 해당 공익법인의 고유목적사업에 사용하는 경우에는 「상속세 및 증여세법」제48조 제2항 제1호에 따른 ‘출연받은 재산을 직접 공익목적 등의 용도에 사용’한 경우에 해당하는 것입니다. <질의2> 출연기관이 불특정다수 연구자들이 해당 출연재산을 이용할 수 있도록 연구용역 및 위탁관리용역을 제공하는 경우로서 그 연구·유지관리비용을 「미래창조과학부 소관 과학기술분야 연구개발사업 처리규정」에 따라 정부로부터 지급받는 경우, 해당 출연재산에 대하여「상속세 및 증여세법」제48조 제3항을 적용하지 아니하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 방사광가속기 는 최첨단 연구를 위한 범국가적 대형 공동연구시설로 구 축 및 운영에 소요되는 비용을 정부예산(****부)으로 지원 해서 사립대학인 〇〇〇(부설 가속기연구소)가 건설, 소유 및 관리 중임 - 동 방사광가속기는 현재 사립대학인 〇〇〇의 소유 로 되어 있어서 , 국가 공공재로서 투명한 관리에 한계가 있어, 소유권을 ◉◉◉ (기초연구시설 및 장비의 구축과 활용 임무를 수행하는 공공 기관, 상증법상 공익법인에 해당) 으로 이전 하고, 운영·관리는 〇〇〇에 위탁 (협약)하여 책임성과 투명성을 높이고자 함 - 동 방사광가속기는 불특정 다수 연구자들이 사용하도록 연구용역 및 관리비용은 정부(미래창조과학부) 가 지원 함 ○ 방사광가속기를 이용 하기 위해서는 대학, 연구소 및 기업에 소속된 연구자 등이 ‘한국방사광이용자협회(공익법인)’에 신청 하고, 연구목적으로만 이용하게 됨(하루 이용료 1십만원) * 〇〇〇 소속 연구자 들도 개인자격으로 신청하든 법인자격으로 신청하든 동일 하게 ‘한국방사광이용자협회(공익법인)’에 신청 및 이용료를 지급한 후 사용하게 됨 * 이용료는 〇〇〇의 연구 및 위탁관리비용에 충당 함 ○ ◉◉◉과 〇〇〇와의 ‘연구 및 위탁계약서’는 추후 작성 예정 2. 질의내용 ○ 공익법인이 출연 받은 재산을 출연기관에 연구용역 및 위탁관리용역을 의뢰하고 연구용역비 및 유지· 관리 비용을 정부가 지원하는 경우, 출연받은 재산에 대하여 (질의1) 상증법 제48조제2항제1호 의 “출연 받은 재산을 직접 공익목적 등의 용도 외에 사용하는 경우” 또는 “3년 이내에 직접 공익 목적사업 등에 사용하지 않는 경우”에 해당하는지 여부 (질의2) 상증법 제48조제3항 의 “공익법인등이 출연받은 재산등을 출 연자에게 임대차, 소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 사용 ·수익 하게 하는 경우”에 해당하여 증여세가 부과되는 지 여부 * 〇〇〇가 연구용역·위탁관리용역을 제공하고 정부로부터 지급받은 대가에 대한 증여세 과세여부를 질의한 것이 아님(증여세 비과세 대상) 3. 관련법령 ○ 상속세 및 증여세법 제46조【비과세되는 증여재산】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액에 대해서는 증여세를 부과하지 아니한다. 1. 국가나 지방자치단체로부터 증여받은 재산의 가액 (이하 생략) ○ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】 ② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우 에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과 하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. 1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등 (직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다) 의 용도 외에 사용하거나 출연 받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우 . 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관 할 세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다. (이하 생략) ③ 제1항에 따라 공익법인등이 출연받은 재산 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 임대차, 소비대차(消費貸借) 및 사용대차 (使用貸借) 등의 방법으로 사용ㆍ수익하게 하는 경 우에는 대통령령 으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다 . 다만, 공익법인등이 직접 공익목적사업과 관련하여 용역을 제공받고 정상적인 대가를 지급하는 등 대통령령으로 정하는 경우 에는 그러하지 아니하다. 1. 출연자 및 그 친족 2. 출연자가 출연한 다른 공익법인등 3. 제1호 또는 제2호에 해당하는 자와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자 ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】 ② 법 제48조제2항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용 하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용 (다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위 하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다. 1. 「법인세법 시행령」 제56조제11항 에 따라 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액 2. 해당 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비, 전기료 및 전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비 (이하생략) ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제39조 【공익법인등의 자기내부거래에 대한 증여세 과세】 ② 법 제48조제3항 각 호 외의 부분 단서에서 " 공익법인등이 직접 공익목적사업과 관련하여 용역을 제공받고 정상적인 대가를 지급하는 등 대통령령으로 정하는 경우 "란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3개월 이내에 법 제48조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 사용하는 경우 2. 제12조제2호에 따른 교육사업을 영위하는 교육기관이 기획재정부 령이 정하는 연구시험용 시설등을 출연받아 이를 해당 공익법인 등과 출 연자가 공동으로 사용하는 경우 3. 해당 공익법인등이 의뢰한 연구용역등의 대가 또는 직접 공익목적 사업의 수행과 관련한 경비등을 지급하는 경우 ③ 법 제48조제3항 각 호 외의 부분 본문에서 " 대통령령으로 정하는 가액 "이란 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 무상으로 사용·수익하게 한 경우에는 해당 출연재산가액 을 말하며, 제32조 제3항에 따른 통상적인 지급대가보다 낮은 대가로 사용·수익하게 한 경우에는 그 차액에 상당하는 출연재산가액 을 말한다 ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제32조 【재산사용 및 용역제공 등에 따른 이익의 계산방법 등】 ③ 제1항을 적용할 때 용역의 시가는 해당 거래와 유사한 상황에서 불특 정 다수인 간 통상적인 지급대가 로 한다. 다만, 용역의 시가가 불분명 한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 부동산 임대용역의 경우: 부동산가액(법 제4장에 따라 평가한 가액을 말한다) × 1년간 부동산 사용료를 감안하여 기획재정부령으로 정하는 율 2. 부동산 임대용역 외의 경우: 「법인세법 시행령」 제89조제4항제2호 에 따라 계산한 금액 ○ 상속세 및 증여세법 기본통칙 48-39…6 【 공익법인 등의 자기내부 거래에 대한 증여세 과세 】 ① 공익법인 등이 출연받은 재산 등을 출연자 등에게 사용・수익하게 하 는 경우 영 제39조 제3항에 따른 증여세과세가액은 다음 각 호에 따른다. 1. 대가없이 사용・수익하게 하는 경우 : 해당 출연재산가액 2. 낮은 대가로 사용・수익하게 하는 경우 (정상적인 대가 - 실제 지급한 대가) : 당해 출연재산가액 × ──────────────── 정상적인 대가 ② 삭제(2000.10.12) ③ 영 제39조 제3항, 영 제40조 제1항 제1호 및 제4호부터 제5호까지에 따라 공익법인 등에 부과되는 증여세과세가액은 각 규정에 따른 가액을 과세요인 발생일 현재 법 제60조부터 제66조까지에 따라 평가한 가액 으로 한다. ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인등의 범위】 법 제16조제1항에서 "공익법인등"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업 2. 「 초·중등 교육법」 및 「 고등교육법」에 의한 학교 , 「유아교육법」 에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업 3. 「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업 4. 「 의료법」 또는 「정신보건법」의 규정에 의한 의료법인 또는 정신 의료법인이 운영하는 사업 5. 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업 6. 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업중 영리를 목적으로 하지 아니 하는 사업으로서 관계행정기관의 장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하는 사업 7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업 8. 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업 9.「 법인세법 시행령」 제36조제1항제1호 각목의 규정에 의한 지정 기부금단체등 및 「소득세법 시행령」 제80조제1항제5호 에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다. 10. 「법인세법 시행령」 제36조제1항제2호 다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이 익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다. 11. 제 1호 내지 제5호·제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정 부령이 정하는 사업 ○ 국제과학비즈니스벨트 조성 및 지원에 관한 특별법 제14조 【◉◉ ◉의 설립 등】 ① 세계적 수준의 기초과학연구를 통한 창조적 지식 및 원천기술을 확보하기 위하여 ◉◉◉(이하 "연구원"이라 한다)을 설립한다. ② 연구원은 법인으로 한다. ③ 연구원은 그 주된 사무소가 있는 곳에서 설립등기를 함으로써 성립 한다. ④ 연구원에 대하여는 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」의 규정을 적용하지 아니한다. ⑤ 연구원에 관하여 이 법 및 「공공기관의 운영에 관한 법률」에서 규 정한 것 외에는 「민법」 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다. ○ 미래창조과학부 소관 과학기술분야 연구개발사업 처리규정 제23조 【연구개발비의 지급】 ① 장관은 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연할 수 있다. ② 대학, 정부출연연구기관 및 특정연구기관 등 비영리법인(이하 “비 영리법인”이라 한다)이 주관연구기관, 협동연구기관 또는 공동연구 기관인 경우와 「국가과학기술경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별 법」 제18조에 따라 신고한 연구개발서비스업자(이하 “연구개발서비스업자”라 한다)가 시험·분석 등 연구개발서비스 제공만을 목적으로 협동연구기관 또는 공동연구기관으로 참여하는 경우에는 해당 비영리법인 및 연구개발서비스업자가 연구비를 부담하게 하여서는 아니 된다. 다만, 비영리법인이 연구개발비를 부담하는 것이 필요하다고 인정되는 연구개발과제로서 다음 각 호의 연구개발과제의 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 연구시설·장비구축과 관련된 연구개발과제 2. 연구인력 양성을 주된 목적으로 하는 연구개발과제 ○ 미래창조과학부 소관 과학기술분야 연구개발사업 처리규정 제28조 【연구개발비의 사용실적 보고】 ① 주관연구기관의 장은 수행과제, 협동과제, 위탁과제에 대하여 정산을 실시하고, 그 결과를 다음 각 호의 내용을 포함하여 별지 제5호 및 제6호 서식에 따라 협약기간 종료 후 3개월 이내에 전문기관의 장에게 전자문서 또는 문서로 보고하여야 한다. 다만, 기초연구단계 연구개발과제의 경우 연구개발비의 규모 등을 고려하여 제출 문서의 종류, 보고서에 포함되어야 할 사항, 제출기간 등을 달리 정할 수 있다. 1. 연구개발계획과 집행실적의 대비표 2. 연구개발과제를 수행하는 연구기관의 자체 회계감사 의견서. 다만, 장 관이 별도로 정하는 경우에는 해당 중앙행정기관의 장의 확인서 또는 전문기관의 정산결과로 갈음할 수 있다. 3. 제41조제10에 따른 연구시설장비의 국가과학기술종합정보서비스 등 록번호, 장비명, 모델명, 제작사, 취득금액, 취득일 등 관련정보 4. 참여연구원의 건강보험 가입 등 증빙자료 ② 주관연구기관의 장은 해당 기관에서 수행하는 모든 과제에 대하여 간접비 및 연구기간 중 발생한 이자의 사용내역을 별지 제4호서식에 따 라 작성하여 익년도 4월말까지 전문기관에 제출하여야 한다. 다만, 발생이자 총액을 해당 과제별로 산입·사용하거나 반납하고 있는 기관의 경우에는 건별로 제1항에 따른 연구개발비 사용실적 보고시 함께 제출한다. ○ 과학기술기본법 제11조의2 【국가연구개발사업에 대한 참여제한 등】 ① 중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업에 참여한 기관, 단체, 기업, 연구책임자ㆍ연구원 또는 소속 임직원에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 5년(과거에 이미 동일한 참여제한 사유로 다른 국가연구개발사업 과제에서 참여를 제한받은 자에 대하여는 10년)의 범위에서 소관 국가연구개발사업의 참여를 제한 할 수 있으며, 이미 출연하거나 보조한 사업비의 전부 또는 일부를 환 수 할 수 있다 . 다만, 제1호에 해당하는 경우로서 연구개발을 성실 하게 수행한 사실이 인정되는 경우에는 참여제한기간과 사업비 환수액을 감면할 수 있다. (이하 생략) 【 민법 위임계약 관련】 ○ 제680조 【위임의 의의】 위임은 당사자일방이 상대방에 대하여 사무의 처리를 위탁하고 상 대방이 이를 승낙함으로써 그 효력이 생긴다. ○ 제681조 【수임인의 선관의무】 수임인은 위임의 본지에 따라 선량한 관리자의 주의로써 위임사무를 처리하여야 한다. ○ 제683조 【수임인의 보고의무】 수임인은 위임인의 청구가 있는 때에는 위임사무의 처리상황을 보고 하고 위임이 종료한 때에는 지체없이 그 전말을 보고하여야 한다. ○ 제684조 【수임인의 취득물 등의 인도, 이전의무】 ① 수임인은 위임사무의 처리로 인하여 받은 금전 기타의 물건 및 그 수취한 과실을 위임인에게 인도하여야 한다 ② 수임인이 위임인을 위하여 자기의 명의로 취득한 권리는 위임인에게 이전하여야 한다. ○ 제685조 【수임인의 금전소비의 책임】 수임인이 위임인에게 인도할 금전 또는 위임인의 이익을 위하여 사용할 금전을 자기를 위하여 소비한 때에는 소비한 날 이후의 이자를 지급하여야 하며 그 외의 손해가 있으면 배상하여야 한다. ○ 제686조 【수임인의 보수청구권】 ② 수임인이 보수를 받을 경우에는 위임사무를 완료한 후가 아니면 이를 청구하지 못한다. 그러나 기간으로 보수를 정한 때에는 그 기간이 경과한 후에 이를 청구할 수 있다. ○ 제688조 【수임인의 비용상환청구권등】 ① 수임인이 위임사무의 처리에 관하여 필요경비를 지출한 때에는 위임인에 대하여 지출한 날 이후의 이자를 청구할 수 있다. ② 수임인이 위임사무의 처리에 필요한 채무를 부담한 때에는 위임인 에게 자기에 갈음하여 이를 변제하게 할 수 있고 그 채무가 변제기에 있지 아니한 때에는 상당한 담보를 제공하게 할 수 있다. ③ 수임인이 위임사무의 처리를 위하여 과실없이 손해를 받은 때에는 위임인에 대하여 그 배상을 청구할 수 있다.